Extremoz era habitada pelos índios Tupis e Paiacus, e o seu nome era Aldeia Guajiru, devido a existência abundante de uma fruta no local de mesmo nome. Em 1607 as terras firam concedidas pelo Capitão-mor do Rio Grande do Norte, Jerônimo de Albuquerque, para os Jesuítas com objetivo principal de catequizar os índios, ali eles construíram uma igreja, e um convento (hoje em ruínas), às margens da lagoa que tinha o nome de Lagoa do Tijuru, que depois passa a se chamar Lagoa do Guajiru, e hoje Lagoa de Extremoz, segundo Câmara Cascudo essa igreja foi a mais bela igreja Colonial da época. Os Jesuítas atuaram na aldeia até 1759, a expulsão se deu em todos os reinos dominados por Portugal, sendo assim assim os dois últimos padres jesuitas a saírem da Aldeia foram os padres Alexandre de Carvalho e seu companheiro José Ferreira, eles passaram os bens da igreja ao novo diretor Antônio de Barros Passos, o Vigário Padre Antônio de Souza e Magalhães, seu Coadjutor e o Mestre Antônio de Barros Passos Jr. que desembarcaram em 9 de Junho de 1759 em Genipabu, para virem instalar a nova Vila.
Sendo assim, em 3 de Maio de 1759, era fundada pelo Ouvidor de Pernambuco Bernardo Coelho Gama e Casco, a primeira Vila do Rio Grande do Norte, a Vila Nova de Estremoz do Norte, um dos critérios nos nomes das novas vilas, é que as mesmas tivessem nomes de cidades portuguesas, e Estremoz com “S”, é um nome de uma cidade, e foi escolhida em homenagem ao Ouvidor Bernardo Coelho Gama e Casco, pois ele era de Estremoz em Portugal. Em 18 de Agosto de 1855 a sede da Vila é transferida para Boca da Mata, que a partir desta data passa a se chamar então de Ceará Mirim, e Extremoz passa a se tornar povoado, todo o centro econômico é transferido para Ceará Mirim devido aos engenheiros de açúcar.
Em 4 de Abril de 1963 Extremoz consegue se desmembrar de Ceará Mirim, e alcança sua Emancipação política, e torna-se Daniel Pinheiro o primeiro Prefeito de Extremoz, conhecido como o prefeito da emancipação.
